1958年，贾斗南参与创建原子核反应堆工程专业（代号810），任教研室负责人，教研室主任，一直到1980年9月共22年。贾斗南教授于1985年1月至1986年1月在美国加利福尼亚大学伯克利分校（UCBerkeley)核工系做访问学者。长期从事反应堆热工流体力学的教学和研究工作。培养博士生24名，硕士生36名。这期间贾斗南完成各种大量的教学和科研工作，且为该专业教师及学生首次开出“反应堆热工”和“反应堆热工和结构”新课程，并于61年编出了《反应堆热工》和《反应堆热工分析》两份讲义教材（共约35万字），这是反应堆工程专业热工方面的首本教材讲义，而且由于当时反应堆工程专业是新超专业，并没有国内外同款教材可以参考。1984年，贾斗南与尹邦华合译了《机械技术手册第22篇：核动力与其他能量转换》（日文）。1994年与上海交大的徐济鋆教授合著了《沸腾传热与气液液两相流》。

上世纪60年代到80年代期间，贾斗南作为主要负责人，从方案设计、自制设备研制、订购器材设备及回路安装均亲自参加劳动，先后建立（或修复该建了）三台回路装置，其中65年建成的不锈钢材料的低、中压热工水力实验回路在当时是兄弟院校同专业中唯一能投入运行的回路；82年结合毕业设计，亲自设计、制造安装了“气液两相流空泡份额测定”回路，在当年是国内开展极少的研究领域。

从92年到98年间贾斗南亦承接了多项科研课题，其中国家和安全局七五攻关项目的“核电站换热器传热管阻尼和微振磨损的实验研究”获陕西省教委科技进步一等奖，同属该项目的“核电站事故工况下喷放阶段的热工水力试验研究”获中国核工业总公司部级科技进步二等奖。针对纳冷快堆开展的“液态金属钠沸腾机器两相流动不稳定性研究”获西安交大科技成果一等奖。他一直致力于反应堆热工水力的科研和教学工作，是国内反应堆热工水力方面的权威，为我国核能事业发展作出巨大贡献。